Brak informacji o poprzedniej stronie.<script src="./skrypty/jquery.js"></script>
<script src="./skrypty/advajax.js"></script>

<style>


div.head-body {
    border: 1px solid #aaaaaa;
    width: 100%;
    display: flex;
}

div.head-body-left {
    width: 50%;
} 

.head-body-left {
}
div {
    border: 0;
    font-size: 100%;
    padding: 0;
    vertical-align: baseline;
}
*, :after, :before {
    box-sizing: border-box;
}
user agent stylesheet
div {
    display: block;
}

div.syllabus_container, div.syllabus_container table {
    font-family: "Helvetica Neue Light", Helvetica, Arial, sans-serif;
    font-size: 12px;
}
.modal-content {
    background-clip: padding-box;
    background-color: #fff;
    border: 1px solid rgba(0,0,0,.2);
    border-radius: 0.3rem;
    display: -ms-flexbox;
    display: flex;
    -ms-flex-direction: column;
    flex-direction: column;
    outline: 0;
    pointer-events: auto;
    position: relative;
    width: 100%;
}
.modal-dialog {
    margin: 0.5rem;
    pointer-events: none;
    position: relative;
    width: auto;
}
a, abbr, acronym, address, applet, article, aside, audio, b, big, blockquote, body, canvas, caption, center, cite, code, dd, del, details, dfn, dl, dt, em, embed, fieldset, figcaption, figure, footer, form, h1, h2, h3, h4, h5, h6, header, hgroup, html, i, iframe, img, ins, kbd, label, legend, mark, menu, nav, object, output, p, pre, q, ruby, s, samp, section, small, span, strike, strong, sub, summary, sup, table, tbody, td, tfoot, th, thead, time, tr, tt, u, var, video {
    border: 0;
    font-size: 100%;
    margin: 0;
    padding: 0;
}
body, html {
    -ms-text-size-adjust: 100%;
    -webkit-text-size-adjust: 100%;
    //background: #efefef;
    font-family: Ubuntu,sans-serif;
    font-size: 100%;
    height: auto;
    line-height: 1.5;
    min-height: 100%;
}
body {
    background-color: #fff;
    color: #212529;
    font-family: -apple-system,BlinkMacSystemFont,Segoe UI,Roboto,Helvetica Neue,Arial,Noto Sans,Liberation Sans,sans-serif,Apple Color Emoji,Segoe UI Emoji,Segoe UI Symbol,Noto Color Emoji;
    font-size: 1rem;
    font-weight: 400;
    line-height: 1.5;
    margin: 0;
    text-align: left;
}
:root {
    --blue: #007bff;
    --indigo: #6610f2;
    --purple: #6f42c1;
    --pink: #e83e8c;
    --red: #dc3545;
    --orange: #fd7e14;
    --yellow: #ffc107;
    --green: #28a745;
    --teal: #20c997;
    --cyan: #17a2b8;
    --white: #fff;
    --gray: #6c757d;
    --gray-dark: #343a40;
    --primary: #007bff;
    --secondary: #6c757d;
    --success: #28a745;
    --info: #17a2b8;
    --warning: #ffc107;
    --danger: #dc3545;
    --light: #f8f9fa;
    --dark: #343a40;
    --breakpoint-xs: 0;
    --breakpoint-sm: 576px;
    --breakpoint-md: 768px;
    --breakpoint-lg: 992px;
    --breakpoint-xl: 1200px;
    --font-family-sans-serif: -apple-system,BlinkMacSystemFont,"Segoe UI",Roboto,"Helvetica Neue",Arial,"Noto Sans","Liberation Sans",sans-serif,"Apple Color Emoji","Segoe UI Emoji","Segoe UI Symbol","Noto Color Emoji";
    --font-family-monospace: SFMono-Regular,Menlo,Monaco,Consolas,"Liberation Mono","Courier New",monospace;
}
html {
    -webkit-text-size-adjust: 100%;
    -webkit-tap-highlight-color: transparent;
    font-family: sans-serif;
    line-height: 1.15;
}
*, :after, :before {
    box-sizing: border-box;
}
*, :after, :before {
    box-sizing: border-box;
}
.head-body-cell-label {
	font-weight:bold
}
</style>

<link rel="stylesheet" href="https://sylabus.amu.edu.pl/build/9346.css"><link rel="stylesheet" href="https://sylabus.amu.edu.pl/build/5406.css"><link rel="stylesheet" href="https://sylabus.amu.edu.pl/build/uam.css">


<div class="syllabus_container" style="background-color:#FFF">

		<div style='position:sticky;top:0;background-color:#FFF'><h1><a href='https://ebio.web.amu.edu.pl/Wydzial-Biologii/programstudiow2.php?l=&kat=&s=&k=&p=&r='>&#8624; powrót do programu studiów</a></h1></div>
  
<div style='display:none'><p>Sylabusy w bazie:</p><table><tr style='font-size:14px'><td style='padding:5px'><a href='sylabus.php?przedmiot=Analiza filogenetyczna&xxx=285'>Analiza filogenetyczna</a></td>
			<td>obowiązkowy</td><td style='padding:5px'>| - Biologia - ogólnoakademicki - II stopień - I - | - Biologia - praktyczny - II stopień - I - |</td><td style='padding:5px'>285</td><td style='padding:5px'>0000-00-00</td><td style='padding:5px'>
			<input type='radio' name='wybierzPrzedmiot' checked onClick="zmienSylabus(,285);">1</td></tr><tr style='font-size:14px'><td style='padding:5px'><a href='sylabus.php?przedmiot=Analiza filogenetyczna&xxx=295'>Analiza filogenetyczna</a></td>
			<td>obowiązkowy</td><td style='padding:5px'>| - Biologia - ogólnoakademicki - II stopień - I - |</td><td style='padding:5px'>295</td><td style='padding:5px'>0000-00-00</td><td style='padding:5px'>
			<input type='radio' name='wybierzPrzedmiot' checked onClick="zmienSylabus(,295);">1</td></tr><tr style='font-size:14px'><td style='padding:5px'><a href='sylabus.php?przedmiot=Analiza filogenetyczna&xxx=296'>Analiza filogenetyczna</a></td>
			<td>obowiązkowy</td><td style='padding:5px'>| - Bioinformatyka - ogólnoakademicki - II stopień - I - |</td><td style='padding:5px'>296</td><td style='padding:5px'>0000-00-00</td><td style='padding:5px'>
			<input type='radio' name='wybierzPrzedmiot' checked onClick="zmienSylabus(,296);">1</td></tr><tr style='font-size:14px'><td style='padding:5px'><a href='sylabus.php?przedmiot=Analiza filogenetyczna&xxx=1964'>Analiza filogenetyczna [2020]</a></td>
			<td>obowiązkowy</td><td style='padding:5px'>| - Biologia - ogólnoakademicki - II stopień - I - | - Biologia - praktyczny - II stopień - I - |</td><td style='padding:5px'>1964</td><td style='padding:5px'>2021-01-30</td><td style='padding:5px'>
			<input type='radio' name='wybierzPrzedmiot' checked onClick="zmienSylabus(,1964);">1</td></tr><tr style='font-size:14px'><td style='padding:5px'><a href='sylabus.php?przedmiot=Analiza filogenetyczna&xxx=2237'>Analiza filogenetyczna [2021_2]</a></td>
			<td>obowiązkowy</td><td style='padding:5px'>| - Biologia - praktyczny - II stopień - I - |</td><td style='padding:5px'>2237</td><td style='padding:5px'>2021-04-23</td><td style='padding:5px'>
			<input type='radio' name='wybierzPrzedmiot' checked onClick="zmienSylabus(,2237);">1</td></tr><tr style='font-size:14px'><td style='padding:5px'><a href='sylabus.php?przedmiot=Analiza filogenetyczna&xxx=2334'>Analiza filogenetyczna</a></td>
			<td>obowiązkowy</td><td style='padding:5px'>| - Bioinformatyka UAM - ogólnoakademicki - II stopień - I - |</td><td style='padding:5px'>2334</td><td style='padding:5px'>2021-05-04</td><td style='padding:5px'>
			<input type='radio' name='wybierzPrzedmiot' checked onClick="zmienSylabus(,2334);">1</td></tr></table><p>wybrano: 2334</p></div><hr><div class="head-main" style="background-color:#FFF">

            <div style="text-align: center; padding: 10px"><img id="previewLogo" src="uam.png" style="width:300px;"></div>

          
        </div>
		
		  <div style="margin-bottom: 10px;position:sticky;top:24;background-color:#FFF">
                                    <p style="text-align: center; font-size: 20px;">Analiza filogenetyczna</p>
                                                    
                            </div>
<p style="text-align: center; font-size: 16px;">Sylabus zajęć </p>
                    <h1 class="head-title">Informacje podstawowe </h1>
                <div class="head-wrapper">
            <div class="head-body" style="padding:10px">
                <div class="head-body-left">
                                                                                    <div class="head-body-cell">
                            <div class="head-body-cell-label">
                                Kierunek studiów 
                            </div>
                            <div class="head-body-cell-content"></div>
                        </div>
                                                                <div class="head-body-cell">
                            <div class="head-body-cell-label">
                                Specjalność 
                            </div>
                            <div class="head-body-cell-content">
                                                                    -                                                            </div>
                        </div>
                                                                <div class="head-body-cell">
                            <div class="head-body-cell-label">
                                Jednostka organizacyjna 
                            </div>
                            <div class="head-body-cell-content">
                                Wydział Biologii
                            </div>
                        </div>
                                                                <div class="head-body-cell">
                            <div class="head-body-cell-label">
                                Poziom studiów 
                            </div>
                            <div class="head-body-cell-content"></div>
                        </div>
                                                                <div class="head-body-cell">
                            <div class="head-body-cell-label">
                                Forma studiów 
                            </div>
                            <div class="head-body-cell-content"></div>
                        </div>
                                                                <div class="head-body-cell-last">
                            <div class="head-body-cell-label">
                                Profil studiów 
                            </div>
                            <div class="head-body-cell-content">
                                                                    Profil ogólnoakademicki                                                            </div>
                        </div>
                                                                            </div>
                <div class="head-body-right">
                                                                                    <div class="head-body-cell">
                            <div class="head-body-cell-label">
                                Cykl dydaktyczny 
                            </div>
                            <div class="head-body-cell-content">-3</div>
                        </div>

                                                                <div class="head-body-cell">
                            <div class="head-body-cell-label">
                                Języki wykładowe 
                            </div>
                            <div class="head-body-cell-content">Polski</div></div>
                                                                <div class="head-body-cell">
                            <div class="head-body-cell-label">
                                Obligatoryjność 
                            </div>
                            <div class="head-body-cell-content">Obowiązkowy</div>
                        </div>
                                                                <div class="head-body-cell">
                            <div class="head-body-cell-label">
                                Blok zajęciowy 
                            </div>
                            <div class="head-body-cell-content">
                                Przedmioty nieprzypisane
                            </div>
                        </div>
                                                                                                                                                                                                                                            </div>
                <div style="clear: both"></div>
            </div>
        </div>
                    <div class="head-author">
                <div class="head-author-left">
                    Koordynator zajęć 
                </div>
                <div class="head-author-right">prof. dr hab. Jacek Dabert, <a href='mailto:dabert@amu.edu.pl'>dabert@amu.edu.pl</a></div>
                <div style="clear: both"></div>
            </div>
                            <div class="head-teachers">
                <div class="head-teachers-left">
                    Prowadzący zajęcia 
                </div>
                <div class="head-teachers-right">prof. dr hab. Jacek Dabert, <a href='mailto:dabert@amu.edu.pl'>dabert@amu.edu.pl</a>, dr Eliza Głowska, <a href='mailto:glowska@amu.edu.pl'>glowska@amu.edu.pl</a></div>
                <div style="clear: both"></div>
            </div>
                            
                <div style="padding-top: 8px;" class="table-responsive">
        <table width="100%" cellspacing="0" class="table" cellpadding="0" border="1" style="border-collapse: collapse;">
            <tbody><tr>
                <td style="width: 25%; vertical-align:top;">
                    <div class="row_header">
                                Okres</div>
        <div>Semestr -1</div>
    </td>
    <td style="width: 60%; vertical-align:top;">
                    <div class="row_header">Forma zajęć / liczba godzin / forma zaliczenia</div><ul style="list-style-type: none; padding: 0;">
        <li style="padding-bottom: 5px;"> Zaliczenie z oceną</li>
</ul>                        </td>
    <td style="width: 15%; vertical-align:top;">
        <div class="row_header">Liczba punktów ECTS</div>
        <div></div>
    </td>
    </tr>


    </tbody></table>
</div>
            
                    <div style="page-break-inside: avoid; ">
                    <h1>Cele kształcenia dla zajęć </h1>
                            <div class="table-responsive" style="margin-bottom:30px">Zapoznanie studentów z podstawami teorii analizy filogenetycznej oraz praktyczne zaprezentowanie procedur stosowanych w rekonstrukcji powiązań filogenetycznych pomiędzy organizmami. 
Zaprezentowanie poszczególnych etapów  komputerowej analizy filogenetycznej z zastosowaniem różnych algorytmów i odmiennych rodzajów danych. 
Zapoznanie z procedurami statystycznego testowania drzew filogenetycznych. 
Analizowanie zjawisk kofilogenetycznymi na przykładzie konstruowania drzew genowych i analizy kospecjacyjnej.
Analizowanie genealogii haplotypów przez konstruowanie sieci filogenetycznych.
</div>
            </div>
        
        <div  style="margin-bottom:30px">
                                    <h1>Wymagania wstępne </h1>Znajomość podstaw biologii ewolucyjnej i statystyki.</div>

        <div style="">
                    <h1>Efekty uczenia się dla zajęć </h1>
                            <div class="table-responsive"><table cellspacing='0' class='table' cellpadding='0' border='1' style='border-collapse: collapse;'>
<tr><td>Symbol EU dla zajęć/przedmiotu</td><td>Po zakończeniu zajęć i potwierdzeniu osiągnięcia EU student/ka:</td><td>Symbole EK dla kierunku studiów</td></tr><tr><td>Efekt_01</td><td>zastosować podstawową terminologię używaną w rekonstrukcji filogenezy</td><td></td></tr><tr><td>Efekt_02</td><td>przygotować matrycę danych do analizy filogenetycznej przy zastosowaniu formatu NEXUS dla danych morfologicznych, molekularnych i kombinowanych</td><td></td></tr><tr><td>Efekt_03</td><td>zrekonstruować drzewo filogenetyczne przy pomocy różnych podejść metodologicznych, rozumiejąc zasady działania poszczególnych metod filogenetycznych i znając ich możliwości i ograniczenia</td><td></td></tr><tr><td>Efekt_04</td><td>przeprowadzić i zinterpretować testy statystyczne stabilności drzewa filogenetycznego</td><td></td></tr><tr><td>Efekt_05</td><td>odczytać matematyczny zapis drzewa filogenetycznego i graficznie opracować rezultaty analizy filogenetycznej</td><td></td></tr><tr><td>Efekt_06</td><td>analizować metodami kofilogenetycznymi i interpretować historię powstania interakcji pomiędzy obiektami biologicznymi</td><td></td></tr></table></div>
            </div>

        <div style="">
                    <h1>Treści programowe </h1>
                            <div class="table-responsive">
                <table cellspacing="0" class="table" border="1" style="border-collapse: collapse;">
                    <tbody><tr>
                        <td width="70px" style="min-width: 70px; width: 70px;" class="row_header code">Lp. </td>
                        <td class="row_header">Treści programowe dla zajęć/przedmiotu </td>
                                                                            <td width="150px" style="min-width: 150px; width: 150px;" class="row_header code">Symbol EU dla zajęć/przedmiotu</td>
                                                                            
                                            </tr><tr>
                            <td class="code" width="50px">1.</td>
                            <td>
                                <p>Podstawowe terminy stosowane w rekonstrukcji filogenezy, w tym: terminologia dotycząca cech (typy homologii i homoplazji, argumentacja cech, cechy informatywne i nieinformatywne, ważenie cech), drzewa filogenetyczne (terminologia, rodzaje drzew, sposoby graficznej prezentacji), taksony naturalne i sztuczne. </p>
                                
                            </td>
							<td class="code row_code">
                                <span style="cursor: pointer;" data-toggle="tooltip" data-placement="bottom" class="popup" title="" data-original-title="Student zna i rozumie wybrane pojęcia metodologii nauk przyrodniczych">Efekt_01</span>
                            </td>
                            
                        </tr><tr>
                            <td class="code" width="50px">2.</td>
                            <td>
                                <p>Przygotowanie matrycy danych: rodzaje cech, matryc danych, format NEXUS. </p>
                                
                            </td>
							<td class="code row_code">
                                <span style="cursor: pointer;" data-toggle="tooltip" data-placement="bottom" class="popup" title="" data-original-title="Student zna i rozumie wybrane pojęcia metodologii nauk przyrodniczych">Efekt_02</span>
                            </td>
                            
                        </tr><tr>
                            <td class="code" width="50px">3.</td>
                            <td>
                                <p>Konstruowanie drzew filogenetycznych: koncepcja zegara molekularnego w filogenetyce, UPGMA, Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, Maksymalna Parsymonia, procedury przyśpieszające obliczenia (heurystyczna, branch-and-bound, quartet puzzling), drzewa konsensusowe. </p>
                                
                            </td>
							<td class="code row_code">
                                <span style="cursor: pointer;" data-toggle="tooltip" data-placement="bottom" class="popup" title="" data-original-title="Student zna i rozumie wybrane pojęcia metodologii nauk przyrodniczych">Efekt_03</span>
                            </td>
                            
                        </tr><tr>
                            <td class="code" width="50px">4.</td>
                            <td>
                                <p>Poszczególne etapy komputerowej analizy filogenetycznej na przykładzie danych molekularnych: wybór markera, przyrównanie (alignment), skonstruowanie matrycy danych, parametry wejściowe, analiza komputerowa. </p>
                                
                            </td>
							<td class="code row_code">
                                <span style="cursor: pointer;" data-toggle="tooltip" data-placement="bottom" class="popup" title="" data-original-title="Student zna i rozumie wybrane pojęcia metodologii nauk przyrodniczych">Efekt_02, Efekt_03</span>
                            </td>
                            
                        </tr><tr>
                            <td class="code" width="50px">5.</td>
                            <td>
                                <p>Analiza statystyczna zrekonstruowanego drzewa: sygnał filogenetyczny (splits), podstawowe parametry statystyczne drzew, metody próbkowania (jacknife i bootstrap), indeks Bremera. </p>
                                
                            </td>
							<td class="code row_code">
                                <span style="cursor: pointer;" data-toggle="tooltip" data-placement="bottom" class="popup" title="" data-original-title="Student zna i rozumie wybrane pojęcia metodologii nauk przyrodniczych">Efekt_04</span>
                            </td>
                            
                        </tr><tr>
                            <td class="code" width="50px">6.</td>
                            <td>
                                <p>Graficzne opracowanie drzew filogenetycznych wybranymi programami komputerowymi.</p>
                                
                            </td>
							<td class="code row_code">
                                <span style="cursor: pointer;" data-toggle="tooltip" data-placement="bottom" class="popup" title="" data-original-title="Student zna i rozumie wybrane pojęcia metodologii nauk przyrodniczych">Efekt_05</span>
                            </td>
                            
                        </tr><tr>
                            <td class="code" width="50px">7.</td>
                            <td>
                                <p>Analiza kofilogenetyczna: podstawowe zjawiska kofilogenetyczne, procedura BPA (Brooks Parsimony Analysis) i drzewa uzgodnione (TreeMap, Jungle), statystyczna analiza rezultatów.</p>
                                
                            </td>
							<td class="code row_code">
                                <span style="cursor: pointer;" data-toggle="tooltip" data-placement="bottom" class="popup" title="" data-original-title="Student zna i rozumie wybrane pojęcia metodologii nauk przyrodniczych">Efekt_02, Efekt_03, Efekt_04, Efekt_05, Efekt_06</span>
                            </td>
                            
                        </tr><tr>
                            <td class="code" width="50px">8.</td>
                            <td>
                                <p>Analiza genealogii haplotypów (sieci filogenetyczne).</p>
                                
                            </td>
							<td class="code row_code">
                                <span style="cursor: pointer;" data-toggle="tooltip" data-placement="bottom" class="popup" title="" data-original-title="Student zna i rozumie wybrane pojęcia metodologii nauk przyrodniczych">Efekt_02, Efekt_05, Efekt_06</span>
                            </td>
                            
                        </tr></tbody></table>
            </div>
            </div>

        <div style="">
                    <h1>Informacje dodatkowe </h1>
        
        
            
                        <div class="table-responsive">
    <table class="table" style="border-collapse: collapse;">
        <thead>
        <tr>
            <th style="white-space: nowrap;">Metody i&nbsp;formy prowadzenia zajęć </th>
        </tr>
        </thead>
                    <tbody></tbody></table>
</div><div class="table-responsive">
    <table class="table" style="border-collapse: collapse;">
        <thead>
        <tr>
		<th rowspan=2>Sposoby oceniania</th><th colspan=7>Symbole EK dla modułu zajęć/przedmiotu</th></tr>
		<tr><th style='min-width:40px'>EK_1</th><th style='min-width:40px'>EK_2</th><th style='min-width:40px'>EK_3</th><th style='min-width:40px'>EK_4</th><th style='min-width:40px'>EK_5</th><th style='min-width:40px'>EK_6</th></tr></table><div class="table-responsive">
    <table class="table" style="border-collapse: collapse;">
        <thead>
        <tr>
            <th colspan=2>Kryteria oceniania wg skali stosowanej w UAM</th>
         </tr>
        </thead>
                    <tbody><tr><td>bardzo dobry (bdb; 5,0):</td><td> </td></tr><tr><td>dobry plus (+db; 4,5):</td><td> </td></tr><tr><td>dobry (db; 4,0):</td><td> </td></tr><tr><td>dostateczny plus (+dst; 3,5):</td><td> </td></tr><tr><td>dostateczny (dst; 3,0):</td><td> </td></tr><tr><td>niedostateczny (ndst; 2,0):</td><td> </td></tr></tbody></table>
              
    
</div>
                    
        

        <br><div style="page-break-inside: avoid;">
                    <h1>Literatura </h1><p><strong>Wydawnictwa książkowe</strong></p><ul>1. Barry Hall: Łatwe drzewa filogenetyczne, WUW, Warszawa, 2008<br>2. Diana Lipscomb: Basics of Cladistic Analysis, George Washington University, Washington D.C., 1998<br>3. Joseph Felsenstein: Inferring phylogenies, Sinauer Associates, , 2004<br></ul><p><strong>Artykuły w czasopismach</strong></p><ul></ul></b><br><div style="">
                    <h1>Nakład pracy studenta i punkty ECTS</h1>
        
        
            
                            <div class="table-responsive">
                    <table width="100%" cellspacing="0" class="table" cellpadding="0" border="0" style="margin-top: 10px; border:0px !important; border-collapse: collapse;">
                        <tbody><tr>
                            <th class="row_header">Forma aktywności</th>
                            <th class="row_header activity_hours_header" colspan="2">
                                                                    Średnia liczba godzin<sup>*</sup> na zrealizowanie aktywności
                                                            </th>
                        </tr><tr><td>Godziny zajęć (wg planu studiów) z nauczycielem</td><td></td></tr><tr><td>Praca własna studenta:</td><td></td></tr><tr><td>Przygotowanie do zajęć</td><td></td></tr><tr><td>Czytanie wskazanej literatury</td><td></td></tr><tr><td>Przygotowanie pracy pisemnej, raportu, prezentacji, demonstracji, itp.</td><td></td></tr><tr><td>Przygotowanie projektu</td><td></td></tr><tr><td>Przygotowanie pracy semestralnej</td><td></td></tr><tr><td>Przygotowanie do egzaminu / zaliczenia</td><td></td></tr><tr><td>SUMA GODZIN</td><td></td></tr><tr><td>LICZBA PUNKTÓW ECTS DLA MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU</td><td></td></tr></tbody></table></div>

                                    <p>* godzina (lekcyjna) oznacza 45 minut </p>
                                        </div>

</div><script>
function zmienSylabus(id, ids) {
	$.post("przypiszSylabus.php", {id:id, ids:ids}, function(data) {
		if (data=='OK') {
			alert("Zapisano...");
			window.location.reload();
		} else {
			console.log(data);
			alert("Blad...");
		}
	}
	);
}
</script>